Comparer box plot vs violin plots.
#Open the datasets
max <- read.csv("data/max.csv")
min <- read.csv("data/min.csv")
min$Year <- factor(min$Year)
max$Year <- factor(max$Year)
max$Route <- factor(max$Route)
#Rename Route
max$Route <- ifelse(max$Route=="IM_L", "IMM-Lactation",
ifelse(max$Route=="IM_T", "IMM-Tarissement",
ifelse(max$Route=="INJ", "Injectable",
ifelse(max$Route=="IU", "IU",
ifelse(max$Route=="ORAL", "PO", "Topique")))))
library(plotly)
## Le chargement a nécessité le package : ggplot2
##
## Attachement du package : 'plotly'
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:ggplot2':
##
## last_plot
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:stats':
##
## filter
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:graphics':
##
## layout
fig_tot <- plot_ly(min,
y = ~total_DCD,
color = ~Year,
type = "box",
marker=list(color="white"))%>% #Remove markers for outlier
layout(title = 'Utilisation totale',
yaxis = list(title = "Taux d'utilisation (Traitement/100 animaux-année)",
hoverformat = '.0f',
range = list(0, 600)), #Adjust the y axis range
showlegend = FALSE)%>%
plotly_build()
saveRDS(fig_tot, "Figures/Total AMU.rds")
d <- readRDS("Figures/Total AMU.rds")
d
Taux d’utilisation des antibiotiques.
fig_tot_alt <- min %>%
plot_ly(
#x = ~Year,
y = ~total_DCD,
split = ~Year,
type = 'violin',
box = list(
visible = T
),
meanline = list(
visible = T
)
)
fig_tot_alt <- fig_tot_alt %>%
layout(title = 'Utilisation totale',
yaxis = list(title = "Taux d'utilisation (Traitement/100 animaux-année)",
hoverformat = '.0f',
range = list(0, 600),
zeroline = TRUE),
showlegend = FALSE
)
plotly_build()
saveRDS(fig_tot_alt, "Figures/Total AMU_alt.rds")
e <- readRDS("Figures/Total AMU_alt.rds")
e
Taux d’utilisation des antibiotiques.