Figures AMU rapport sectoriel bovins laitiers

Comparer box plot vs violin plots.

#Open the datasets

max <- read.csv("data/max.csv")
min <- read.csv("data/min.csv")

min$Year <- factor(min$Year)
max$Year <- factor(max$Year)
max$Route <- factor(max$Route)

#Rename Route
max$Route <- ifelse(max$Route=="IM_L", "IMM-Lactation",
                    ifelse(max$Route=="IM_T", "IMM-Tarissement",
                           ifelse(max$Route=="INJ", "Injectable", 
                                  ifelse(max$Route=="IU", "IU", 
                                         ifelse(max$Route=="ORAL", "PO", "Topique")))))

Figure utilisation globale par année

AMU totale box-plot

library(plotly)
## Le chargement a nécessité le package : ggplot2
## 
## Attachement du package : 'plotly'
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:ggplot2':
## 
##     last_plot
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:stats':
## 
##     filter
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:graphics':
## 
##     layout
fig_tot <- plot_ly(min, 
               y = ~total_DCD, 
               color = ~Year, 
               type = "box",
               marker=list(color="white"))%>% #Remove markers for outlier
  layout(title = 'Utilisation totale', 
         yaxis = list(title = "Taux d'utilisation (Traitement/100 animaux-année)",
                      hoverformat = '.0f',  
                      range = list(0, 600)), #Adjust the y axis range
         showlegend = FALSE)%>%

plotly_build()
saveRDS(fig_tot, "Figures/Total AMU.rds")

d <- readRDS("Figures/Total AMU.rds")
d

Taux d’utilisation des antibiotiques.

AMU totale Violin plot

fig_tot_alt <- min %>%
  plot_ly(
    #x = ~Year,
    y = ~total_DCD,
    split = ~Year,
    type = 'violin',
    box = list(
      visible = T
    ),
    meanline = list(
      visible = T
    )
  ) 

fig_tot_alt <- fig_tot_alt %>%
  layout(title = 'Utilisation totale', 
         yaxis = list(title = "Taux d'utilisation (Traitement/100 animaux-année)",
                      hoverformat = '.0f',  
                      range = list(0, 600),
                      zeroline = TRUE), 
         showlegend = FALSE
         
        )
plotly_build()

saveRDS(fig_tot_alt, "Figures/Total AMU_alt.rds")

e <- readRDS("Figures/Total AMU_alt.rds")
e

Taux d’utilisation des antibiotiques.